¿Instalar iTunes borra tus archivos MP3? No, aquí lo que realmente pasa

iTunes NO borra, mueve ni modifica tus archivos MP3 existentes

Instalar iTunes (o la app Apple Music / Apple TV en macOS 10.15+) es seguro para tu biblioteca de música.

Escanea las carpetas que elijas (predeterminado: Music/iTunes Media) en busca de archivos multimedia.
Lee metadatos (etiquetas ID3) para construir su base de datos de biblioteca (iTunes Library.itl).
Opcionalmente copia los archivos a su propia estructura de carpetas si "Copiar archivos a la carpeta iTunes Media al agregar a la biblioteca" está ACTIVADO (predeterminado en Mac, desactivado en Windows).
Nunca elimina los originales a menos que selecciones explícitamente archivos en iTunes → Eliminar → "Mover a Papelera/Papelera de reciclaje".

Configuración	Ubicación	Efecto
Copiar archivos a la carpeta iTunes Media	Editar → Preferencias → Avanzado (Win) / Música → Configuración → Archivos (Mac)	ACTIVADO = duplicados en carpeta de iTunes. DESACTIVADO = deja los archivos donde están (recomendado para bibliotecas externas).
Mantener la carpeta iTunes Media organizada	Misma	ACTIVADO = renombra/mueve archivos a Artista/Álbum. DESACTIVADO = deja los nombres de archivo intactos.
Biblioteca de música de iCloud / Sincronizar biblioteca	General / Cuenta	ACTIVADO = iguala/sube a la nube. Puede reemplazar archivos locales con AAC de 256k si se usa "Eliminar descargas". Haz copia de seguridad primero.

Mantén los MP3 en tu propia estructura de carpetas (p. ej., D:\Música\Artista\Álbum\).
En iTunes: Desactiva "Copiar archivos..." y Desactiva "Mantener organizado".
Archivo → Agregar carpeta a la biblioteca → Selecciona tu carpeta raíz de Música.
iTunes indexa en su lugar. Los originales no se tocan.
Haz copia de seguridad de tu carpeta de música por separado (disco externo, nube).

Errores de coincidencia de la Biblioteca de música de iCloud: Sube la versión incorrecta (limpia vs explícita, en vivo vs estudio). Solución: Desactívalo, o usa "Mantener originales" (iTunes → Preferencias → General).
Archivo de biblioteca corrupto: iTunes no puede leer la BD. Solución: Mantén presionada Shift (Win) / Opción (Mac) al iniciar → Crear biblioteca / Elegir biblioteca → apunta a la copia de seguridad .itl.
"Eliminar de la biblioteca" + "Mover a Papelera" accidental: Error del usuario. Deshacer: Restaura desde Papelera de reciclaje / Papelera.

Conclusión: iTunes es una base de datos + reproductor. Tus archivos se quedan donde están a menos que le digas lo contrario.